熊本博物館は、自然・人文の郷土博物館として昭和２７年（１９５２）に設立されました。
その後幾多の変遷を経て昭和５３年（１９７８）に現在の本館が新築されました。ここでは、青少年の夢を育てることを目的として、従来の自然、人文の両部門、さらに理工学部門とプラネタリウムを併設した独自性のある総合博物館となっています。また、本館のほかに熊本城天守閣に分館を設置しています。
熊本博物館は郷土に立脚し、人間生活に密着することを基本に、広域の情報を提供、一般に開放された市民参加型の博物館をめざしています。そして、市民がみずから知り、考え、行動するお手伝いを心がけています。