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北里柴三郎記念館（きたざとしばさぶろうきねんかん）は、熊本県阿蘇郡小国町の学びやの里内にある記念館。北里柴三郎の旧居宅と生家、当時の資料や書籍などがある。財団法人学びやの里が管理運営している。

1916年（大正5年）、北里柴三郎の「学習と交流」の理念に基づき一部が建設された。1986年に熊本県小国町で始まった地域振興の「学びやの里構想」に、1987年（昭和61年）、北里研究所と北里学園（現在両者は統合）が、北里学園創立25周年記念事業としてこれに協力し北里柴三郎記念館として再生した。「日本が世界に誇る医学者〜北里柴三郎〜の偉業を称え、後世へ伝え」るための施設である。現在は、1995年4月1日に法人化した財団法人学びやの里により管理運営が行われている。周辺には、研修宿泊施設（木魂館）とグランド、食と健康の交流館（北里バラン）などがあり、町民の生活と文化を育む拠点となっている。